De eerste vermelding van IJsselmuiden dateert uit een oorkonde van 1133. De plaats is ontstaan op een rivierduin, waar nu de Dorpsweg loopt. De Dorpskerk, een opvallend kenmerk van IJsselmuiden, is een eenbeukige kerk met een romano-gotische toren, een driezijdig gesloten gotisch koor en een neogotisch dwarsschip. De imposante romaanse toren, volledig opgetrokken uit tufsteen, dateert uit de 12e eeuw en heeft drie geledingen met een ingesnoerde spits. Het onderste deel van de toren stamt uit ongeveer 1200.

Het westelijke deel van het schip, ook gebouwd in tufsteen, kan eveneens uit dezelfde periode dateren. Het koor, gemaakt van baksteen met een bekleding van tufsteen, is gebouwd in de 15e eeuw en heeft inwendig prachtige gemetselde kruisribgewelven. De kerk werd in 1848-1849 aan de noordzijde vergroot, en in 1911-1912 onderging ze een ingrijpende uitbreiding waarbij rijksarchitect A. Mulder trachtte zoveel mogelijk van het oude karakter te behouden en te herstellen.

Op 1 januari 1937 werd de gemeente IJsselmuiden uitgebreid met de voormalige gemeenten Grafhorst, Kamperveen, Wilsum en Zalk en Veecaten. Later, in 1967, werd ook een deel van de voormalige gemeente Zwollerkerspel aan IJsselmuiden toegevoegd. Het gebied tussen de Plas en de Dorpsweg werd bebouwd na 1944, waar voorheen de Zandberg lag, een oefenterrein voor de militairen van Kampen. Dit terrein werd in 1960 door IJsselmuiden aangekocht en bebouwd.
Op 1 januari 2001 werd de voormalige gemeente IJsselmuiden samengevoegd met de gemeente Kampen.